常见的微生物污染是空气的微生物污染和水的微生物污染。空气虽然不是微生物产生和生长的自然环境，没有细菌和其它形式的微生物生长所需要的足够的水分和可利用的养料，但由于人们的生产和生活活动，使空气中可存在某些微生物，包括一些病原微生物如结核杆菌、白喉杆菌、金葡菌、流感病毒、麻疹病毒等，可成为空气传播疾病的病原。
病原微生物威胁食品安全和人类健康，相较于其他化学污染来说，食品易受微生物污染的特点是与生俱来的，由于微生物在空气、水、人体等环境中无所不在，这使其成为食品加工过程中无法杜绝污染的因素之一。 现代食品安全管理中，微生物污染是头等大事，食品生产者必须足够重视，才有可能将其危害控制在安全水平之下。 微生物污染是指由细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素和病毒造成的动物性食品生物性污染。
细菌性污染是涉及面广、影响、问题多的一类食品污染，其引起的食物中毒在所有食物中毒中具有普遍性并爆发性。细菌性食物中毒全年皆可发生，具有易发性和普遍性等特点，对人类健康有较大的威胁。引起食品污染的细菌主要有沙门氏菌、副溶血性弧菌、大肠杆菌、志贺菌、葡萄球菌等。 真菌在发酵食品行业的应用非常广泛，但许多真菌也会产生真菌毒素，从而引起食品污染。尤其是20世纪60年代发现具有强致癌性的黄曲霉素以来，真菌与真菌毒素对食品的污染日益引起各方重视。真菌毒素不仅具有较强的急性毒性和慢性毒性，还具有致癌、致畸、致突变性，如黄曲霉、寄生曲霉产生的黄曲霉素，麦角菌产生的麦角碱，以及杂色曲霉、构巢曲霉产生的杂色曲霉素等。真菌毒素的毒性可以分为神经毒、肝脏毒、肾脏毒、细胞毒等，如黄曲霉素具有强烈的肝脏毒，可以引起肝癌。常见的产毒真菌主要有曲霉、青霉、镰刀菌、交链孢霉等。由于真菌生长繁殖及产生毒素需要一定的温度与湿度，因此真菌性食物中毒往往有较为明显的季节性和地区性。在我国北方地区食品中黄曲霉素B1污染较轻，而长江沿岸和长江以南地区则较重。 病毒与细菌、真菌不同，病毒的繁殖离不开宿主，所以病毒往往先污染动物性食品，然后通过宿主、食物等媒介进一步传播。带有病毒的水产品、患病动物的乳/肉制品一般是病毒性食物中毒的起源。同细菌、真菌引起的病变相比，食源性病毒引发的疾病更加难以得到有效治疗，且更容易爆发流行。 常见食源性病毒主要有甲型肝炎病毒、戊型肝炎病毒、轮状病毒、诺瓦克病毒、朊病毒、禽流感病毒等，这些病毒曾经或仍在肆虐，造成了许多重大的疾病群发事件。
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